El partido político latinoamericano es creado como tal el 7 de mayo de 1924, día en el cual Haya de la Torre, cercano colaborador del político y educador mexicano José Vasconcelos Calderón entrega al presidente de la Federación de Estudiantes de México la bandera Indoamericana y este acto es considerado como la fundación oficial del APRA Continental.

La formulación de sus principios está en un artículo publicado en un número de la revista inglesa LabourMonthly «Whatisthe A.P.R.A.» (en inglés), de diciembre de 1926, donde se formulan las 5 bases del APRA, para la creación de un frente único latinoamericano (o Indoamericano según Haya de la Torre):

1. Lucha contra el Imperialismo. (en un principio: Yanki, luego se extendió a: contra todo imperialismo).
2. Búsqueda de la (Por la)unidad política en América Latina.
3. Nacionalización Progresiva de tierras e industrias.
4. Internacionalización del Canal de Panamá.
5. Solidaridad con todos los pueblos y clases oprimidas del mundo.

La primera organización política aprista se crea en 1927 en París. Finalmente, el 20 de septiembre de 1930 se funda el Partido Aprista Peruano (PAP) en la ciudad de Lima, que es, actualmente, el único partido político aprista. A pesar que la idea inicial era formar una agrupación política internacional latinoamericana, actualmente el PAP es un partido político exclusivamente peruano.

El partido mantiene considerable cercanía con movimientos políticos social demócratas de otros países de Latinoamérica y su ideología (aprismo) ha influenciado a paridos como Acción Democrática de Venezuela, el Partido Liberación Nacional de Costa Rica, el Partido Socialista de Chile, el Partido Aprista de Cuba, el Frente Amplio de Uruguay y el Partido dos Trabalhadores de Brasil. Los mayores simpatizantes del APRA se encuentran concentrados en la región de la costa norte peruana.

Tras la derrota de Víctor Raúl Haya de la Torre en las elecciones de 1931 a manos de Luis Miguel Sánchez Cerro (Unión Revolucionaria), los militantes del PAP no reconocieron los resultados ni el nuevo gobierno, alegando fraude electoral, lo cual fue corroborado posteriormente al encontrarse ánforas con células de votación a favor del APRA que no fueron contabilizadas en Lima y en el norte del país.

El gobierno de Sánchez Cerro inició una persecución contra los apristas, acusándolos de comunistas, antipatriotas, enemigos de la religión y la familia, además de estar coludidos con el leguismo.

Haya de la Torre fue apresado y las protestas populares aumentaron en todo el país. En la ciudad de Trujillo se produjo, el 7 de julio de 1932, un fallido levantamiento armado que desencadenó enfrentamientos entre el pueblo aprista y la fuerza armada. La insurrección fue duramente reprimida, siendo Trujillo la primera ciudad de la historia en ser bombardeada desde el aire por la propia fuerza aérea del país. Miles de apristas fueron detenidos y se calcula que más de seis mil fueron fusilados en las ruinas peruanas de Chan Chan (en las afueras de Trujillo). La llamada "Revolución de Trujillo", como la conocen los apristas, fue el prolegómeno al levantamiento de la marinería, el fusilamiento de ocho de su personal por ser apristas y la continuidad de un movimiento revolucionario en diversos puntos del país (básicamente en la sierra norte, centro y centro sur del país).

Luis Miguel Sánchez Cerro fue asesinado el 30 de abril de 1933 por el militante aprista Abelardo Mendoza Leyva, quien fue abatido en el acto. No se pudo sindicar a la dirigencia aprista como autora intelectual del crimen por falta de pruebas.

Tras la muerte de Sánchez Cerro, asumió la presidencia el general Óscar R. Benavides, quien buscó implementar una política de "paz y concordia". Haya de la Torre fue liberado el 10 de agosto de 1933, los demás presos apristas también salieron de las cárceles y muchos otros regresaron del destierro. Sin embargo, a raíz de la conspiración aprista de El Agustino en noviembre de 1934, el gobierno reinició la persecución, la cual se mantuvo durante el gobierno de Manuel Prado Ugarteche (1939-1945).

En 1936 se convocaron elecciones generales, pero aún existía la prohibición de que el Partido Aprista pudiera postular en ellas. En ese contexto, el APRA propuso al socialdemócrata Luis A. Eguiguren como su candidato, al igual que un conglomerado nacional de organizaciones. Sin embargo, el Jurado Nacional de Elecciones vetó la candidatura "por ser apoyada por el APRA".

En 1945, el APRA participó en el Frente Democrático Nacional (FDN), una alianza que llevó al poder a José Luis Bustamante y Rivero, con una inmensa base social aportada por el APRA. Sin embargo, las posiciones disímiles sobre la realidad peruana y sobre la situación de los pobres debilitaron al gobierno. El FDN promovió medidas económicas erradas, lo que provocó acciones internas que mellaron la unidad de la alianza en medio de una tensa situación política que incluso produjo muertes, como la de Francisco Graña Garland, director del diario La Prensa en 1947.

Al mismo tiempo, comenzó a percibirse una creciente tensión entre el pueblo, que sentía que las promesas de reformas sociales estaban siendo postergadas. Esto se tradujo en la revuelta del 3 de octubre de 1948. El gobierno alentó el boicot parlamentario de los sectores de la derecha para evitar que las propuestas sociales y de avanzada del APRA fueran aprobadas. Todos estos factores llevaron a la caída de Bustamante y al golpe de Estado del general Manuel A. Odría, su exministro de Gobierno y Policía, quien persiguió al APRA, llevando al partido nuevamente a la clandestinidad.

En 1949, Víctor Raúl Haya de la Torre se exilió en la Embajada de Colombia en Perú, que le otorgó asilo político. Su caso fue llevado a la Corte Internacional de Justicia en La Haya, Países Bajos. El caso fue cerrado en 1954. Haya estuvo encarcelado durante 5 años, 4 meses y 5 días. Al ser liberado, se le concedió un viaje a México, donde se exilió y no volvió al Perú hasta 1961. El Partido fue liderado interinamente por su secretario general, Ramiro Prialé, "en la clandestinidad".

Tras la salida de Odría y la convocatoria de elecciones en 1956, el Partido seguía prohibido de tener candidato propio. Ante las diversas opciones de derecha que competían, se inclinó por la candidatura de Manuel Prado Ugarteche, quien prometió la inmediata libertad de acción política y la liberación de los presos políticos. A este período se le llamó la «convivencia». Esta posición partidaria originó su primera gran escisión de izquierda dentro de los cuadros partidarios.

El APRA Rebelde surgió en 1959 de una escisión del Partido Aprista Peruano (PAP). En 1962 se convirtió en el Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR) y, en 1965, bajo este nombre, inició una lucha armada.
En octubre de 1958, durante la VI Convención del PAP, un grupo de dirigentes juveniles, liderado por Luis de la Puente Uceda, presentó una moción crítica contra la dirigencia del partido, reclamando el retorno al programa primigenio, antimperialista, revolucionario y popular del PAP, que por entonces apoyaba al gobierno del presidente Manuel Prado Ugarteche, aunque este apoyo no alcanzó a ser una alianza política ni parlamentaria.

El resultado de esta iniciativa fue la inmediata expulsión del partido de De la Puente y su grupo, en el que estaban Carlos Malpica Silva Santisteban, Gonzalo Fernández Gasco, Manuel Pita Díaz, Luis Iberico Mas, Luis Olivera Balmaceda, Walter Palacios Vinces, Máximo Velando, Elio Portocarrero y otros. Este grupo creó el "Comité Aprista de Defensa de los Principios Doctrinarios y de la Democracia Interna", y así surgió el APRA Rebelde, cuyo primer secretario general fue Manuel Pita Díaz.

Al retornar Víctor Raúl Haya de la Torre del exilio en 1962, anunció su candidatura presidencial, acompañado por Manuel Seoane Corrales y Alberto Arca Parró (socialdemócrata) para la 1.ª y 2.ª Vicepresidencia. Las otras candidaturas fueron Fernando Belaúnde de Acción Popular y Manuel A. Odría de la Unión Nacional Odriísta, que representaban a la centro-derecha y a la derecha populista. El resultado dio victoria aprista, ya que Haya de la Torre obtuvo el 33%, mientras que Belaúnde obtuvo el 32%.

Aunque la Constitución especificaba que el presidente debía ser elegido con más del 50% de los votos válidamente emitidos, si ningún candidato alcanzaba ese porcentaje, la elección se llevaría a cabo en el Congreso.

En los resultados parlamentarios, ningún partido obtuvo la mayoría relativa. Entonces, tras una rueda de consultas que incluyó a Belaúnde, Haya de la Torre y Odría hicieron un acuerdo para que el segundo asumiera la presidencia, y que Manuel Seoane Corrales (del APRA) asumiera la primera vicepresidencia. Sin embargo, las Fuerzas Armadas no aceptaron el acuerdo y alegaron un veto contra la candidatura aprista.

Se implicaron nuevamente en un golpe de Estado liderado por Ricardo Pérez Godoy. El orden democrático regresó en 1963, cuando se convocaron nuevamente las elecciones con los tres mismos candidatos. Resultó victorioso Belaúnde, seguido por Haya, quien aumentó su votación, pero no obtuvo la mayoría parlamentaria, siendo el Congreso dominado por la coalición APRA-Unión Nacional Odriísta.

Fernando Belaúnde, al no tener mayoría parlamentaria, vio que el APRA y la Unión Nacional Odriísta lideraban la oposición; la alianza de gobierno de Belaúnde con los democristianos resultó en un fracaso de gestión y en un desencanto popular.

Ante ello, el presidente acusó de boicot a la oposición parlamentaria, aludiendo a una supuesta parálisis de la administración del Estado. En las siguientes elecciones municipales y complementarias del Congreso, la oposición ganó ampliamente los comicios. Bajo la errónea premisa de que el país era ingobernable, se propició un golpe de Estado liderado por Juan Velasco Alvarado.

El Partido Aprista se mantuvo en contra de esta continua acción de los militares. Durante el golpe de Estado de Velasco, las Fuerzas Armadas tomaron el local de la Casa del Pueblo (Perú).

El 3 de octubre de 1968, el general Juan Velasco Alvarado llegó al poder mediante un golpe de Estado. La relación entre el aprismo y el velasquismo fue tensa.

Aun cuando el régimen implementó varias de las reformas por las que había abogado el APRA, que se mantuvo en la oposición, el régimen fue acusado de «utilizar políticamente» las propuestas del APRA, pero a favor de una casta militarista y renunciando a la libertad para imponer un régimen totalitario.

Luego de un cambio en el gobierno, retirándose Velasco del poder y siendo reemplazado por Morales Bermúdez en 1975, esta etapa revisionista asumió el fracaso económico y social de los militares y convocó a elecciones para una nueva Asamblea Constituyente.

En 1978, Víctor Raúl Haya de la Torre fue elegido para presidir la Asamblea Constituyente de 1978, la cual sancionó la Constitución de 1979 después de una contundente victoria popular.

Esta Carta Política dio lugar a importantes cambios políticos y sociales (laicidad del Estado, igualdad de derechos entre hombres y mujeres, voto para analfabetos y a partir de los 18 años, entre otros), de los cuales Haya fue un importante propulsor.

En el año constitucional, Haya falleció en su casa de Ate Vitarte, en Villa Mercedes, el 2 de agosto de 1979.

Tenía 84 años de edad. Fue en este contexto donde Alan García comenzó su carrera política como Diputado Constituyente en dicha asamblea. La mayoría fue presidida por el APRA, y la segunda fuerza política fue el Partido Popular Cristiano.

El APRA participó en estas elecciones con Armando Villanueva del Campo como candidato presidencial, y con Andrés Townsend Ezcurra y Luis Negreiros Criado para la 1.ª y 2.ª Vicepresidencia, pero quedaron en 2.º lugar, lo que dio paso al 2.º gobierno de Acción Popular presidido por Fernando Belaúnde Terry, quien pactó con los militares la impunidad total para ellos. Ese mismo año, fue electo Alan García como Diputado por la provincia de Lima.

El Partido presentó la candidatura de Alan García a la presidencia de la República. Su contrincante, Alfonso Barrantes Lingán, fue el candidato de varios movimientos comunistas y socialistas que se agruparon bajo el nombre de Izquierda Unida.

El otro candidato fue Luis Bedoya Reyes, por el movimiento social cristiano Partido Popular Cristiano. El último candidato fuerte fue Javier Alva Orlandini, por el partido oficialista que dejaba el gobierno, Acción Popular. En las elecciones del 10 de abril, García obtuvo el 49,5% del voto válido y Barrantes el 27%, lo que obligó a Barrantes a renunciar para no prolongar la elección y su inminente derrota en una segunda vuelta.

Alan García fue proclamado presidente el 1 de junio por el Jurado Nacional de Elecciones.

Alan García asumió el gobierno el 28 de julio de ese mismo año, luego de ganar las elecciones generales de 1985 con un gran apoyo por parte del pueblo, debido a su juventud y su radicalismo, de acuerdo con el contexto de ese entonces, en la defensa del pueblo peruano, lo que causó una gran ilusión en el mismo. En sus primeros meses como gobernante, solía concurrir a conferencias internacionales, como la Asamblea General de las Naciones Unidas y la FAO, en las cuales expuso su tesis sobre la deuda externa, con la cual era ovacionado por los jefes de estado asistentes, así como por la prensa extranjera.

Los primeros años del gobierno de García fueron conocidos por irradiar una vitalidad y una autoridad desconocidas en un gobierno del Perú. García acostumbraba a dar balconazos (discursos en los balcones de palacio), mostrando sus dotes de oratoria y anunciando medidas de su gobierno; era escuchado y aplaudido por grandes masas. La aprobación de García en septiembre de 1985 fue del 90%, según la encuestadora Apoyo; en diciembre del mismo año, su aprobación estuvo en el 82%. Para 1989, las cifras de aprobación a su gestión cayeron, y empezó el año con un 9% de aprobación; a fines del mismo año, su aprobación subió al 14%, y durante 1990 continuó subiendo, siendo en julio del 21%.

En un comienzo, las medidas adoptadas dieron resultados positivos. Ya en septiembre de 1985, la inflación bajó al 3,5% (comparado con el 12,5% en abril del mismo año, heredada de la pésima gestión populista). Hacia el segundo trimestre de 1986, la economía dio señales claras de recuperación. Los sectores que dependían de la demanda interna (manufactura, construcción, agricultura) crecieron, pero no así los sectores dedicados a la exportación (minería, pesca). En 1986, la economía creció un 10%. Fue el mayor crecimiento desde los años 50, con lo cual García disfrutó entonces de una popularidad récord en América Latina. Cuando las reacciones de los grupos de poder internacional mermaron la acción del gobierno y la capacidad de gasto del Estado fue agotada, comenzaron entonces múltiples problemas.
La política económica de García incluyó un severo control del tipo de cambio y la inflación del régimen de Belaúnde. Igualmente, se rechazaron las intervenciones del Fondo Monetario Internacional y se limitó el pago de la deuda externa al 10% de los ingresos por exportaciones que obtenía el país, una posición muy común entonces en todo el continente. Esta decisión causó el retraso en el pago de la deuda externa y que el país fuera declarado inelegible por el FMI en 1986.
El punto de ruptura de su gobierno fue la intención de estatizar la banca como una forma de controlar la inflación, que a esas alturas (28 de julio de 1987) ya resultaba agobiante. En efecto, los indicadores económicos señalan que el Perú, durante su mandato, llegó a sufrir una hiperinflación de 1.722,3% en 1988 y 2.775% en 1989. Para inicios de 1990, estos índices alcanzaron el 854% (inflación acumulada a julio de 1990). La devaluación de la moneda fue altísima y, durante su gobierno, hubo que cambiar dos veces la moneda oficial (sol e inti) debido a que quedó rápidamente sin valor. Ello derivó en una gran especulación y en la escasez de productos de primera necesidad.

En un comienzo, las medidas adoptadas dieron resultados positivos. Ya en septiembre de 1985, la inflación bajó al 3,5% (comparado con el 12,5% en abril del mismo año, heredada de la pésima gestión populista). Hacia el segundo trimestre de 1986, la economía dio señales claras de recuperación. Los sectores que dependían de la demanda interna (manufactura, construcción, agricultura) crecieron, pero no así los sectores dedicados a la exportación (minería, pesca). En 1986, la economía creció un 10%. Fue el mayor crecimiento desde los años 50, con lo cual García disfrutó entonces de una popularidad récord en América Latina. Cuando las reacciones de los grupos de poder internacional mermaron la acción del gobierno y la capacidad de gasto del Estado fue agotada, comenzaron entonces múltiples problemas.
La política económica de García incluyó un severo control del tipo de cambio y la inflación del régimen de Belaúnde. Igualmente, se rechazaron las intervenciones del Fondo Monetario Internacional y se limitó el pago de la deuda externa al 10% de los ingresos por exportaciones que obtenía el país, una posición muy común entonces en todo el continente. Esta decisión causó el retraso en el pago de la deuda externa y que el país fuera declarado inelegible por el FMI en 1986.
El punto de ruptura de su gobierno fue la intención de estatizar la banca como una forma de controlar la inflación, que a esas alturas (28 de julio de 1987) ya resultaba agobiante. En efecto, los indicadores económicos señalan que el Perú, durante su mandato, llegó a sufrir una hiperinflación de 1.722,3% en 1988 y 2.775% en 1989. Para inicios de 1990, estos índices alcanzaron el 854% (inflación acumulada a julio de 1990). La devaluación de la moneda fue altísima y, durante su gobierno, hubo que cambiar dos veces la moneda oficial (sol e inti) debido a que quedó rápidamente sin valor. Ello derivó en una gran especulación y en la escasez de productos de primera necesidad.

La oposición al gobierno creció significativamente desde el intento de estatización de la banca, una medida que fue sumamente impopular y disparó un enérgico movimiento de protesta de la derecha encabezado por el escritor Mario Vargas Llosa. Este movimiento finalmente evolucionaría en la alianza política FREDEMO (que incluía al Partido Popular Cristiano, Acción Popular y al Movimiento Libertad), que postuló sin éxito en las elecciones de 1990 con Vargas Llosa como candidato presidencial. La inestabilidad económica, con complicidad de los grupos de poder internos y externos, y el terrorismo provocaron el descontento de la población peruana, que en las elecciones de 1990 eligió como presidente a Alberto Fujimori. Aunque el candidato aprista Luis Alva Castro logró un importante 20% de los votos, los cuales se inclinarían en la segunda vuelta por el candidato que se oponía a la derecha.

El candidato Alan García lanzó nuevamente su candidatura a las elecciones generales de 2006 ubicándose por muchos meses en el segundo lugar, siendo desplazado por Ollanta Humala. A fines de abril de 2006, logró un empate con Lourdes Flores, quien también fue desplazada por Ollanta Humala.
El 9 de abril le arrebató el segundo lugar a Lourdes Flores. Las elecciones fueron muy ajustadas pero en una segunda vuelta, García Pérez derrotó a Ollanta Humala ( candidato apoyado política y económicamente por el Chavismo venezolano), convirtiéndose por segunda vez en Presidente de la República del Perú. Su gobierno cuenta a septiembre de 2007, con una importante aprobación ciudadana a nivel nacional.
Luego de que la Oficina Nacional de Procesos Electorales confirmara al 100.00 % de las actas escrutadas que Alan García era el nuevo Presidente, el 21 de junio de 2006, el Jurado Nacional de Elecciones lo acreditó como Presidente Electo. Sucedió en el cargo a Alejandro Toledo, quien fuera su rival en el 2001.

Durante el período de transición, García Pérez realizó numerosos anuncios sobre las acciones que tomaría su futura administración. Entre los principales anuncios que realizó, destacan la creación del Ministerio de Pesquería y los futuros Ministerios de Cultura y del Deporte. También anunció que su Consejo de Ministros sería paritario, recibiendo elogios de Lourdes Flores, lideresa de la oposición, quien enfocó su campaña electoral en el tema de la igualdad de las mujeres.

El 13 de junio de 2006, García Pérez se reunió con Luiz Inácio Lula da Silva, amigo de la juventud, realizando su primer viaje al exterior como presidente electo. Juntos recordaron que García Pérez fue el único líder latinoamericano que lo recibió en 1989, luego de perder una contienda electoral. En temas bilaterales, se habló de la importancia de la Carretera Interoceánica, el cuidado de la zona amazónica y de un futuro Tratado de Libre Comercio. García Pérez incluso se animó a decir que, de ser brasileño, votaría por Lula.
El 22 de junio viajó a Chile para encontrarse con la presidenta Michelle Bachelet, quien lo recibió en el Palacio de La Moneda. Al encuentro viajó con José Antonio García Belaúnde, su asesor en temas internacionales y posteriormente Ministro de Relaciones Exteriores del Perú. García Pérez conversó con Bachelet sobre el fortalecimiento de las relaciones bilaterales, muy dañadas durante los gobiernos de Alejandro Toledo y Ricardo Lagos. Por propias declaraciones de García, se supo que no trataron los temas de Alberto Fujimori ni del conflicto de delimitación marítima. Sobre el tema, García Pérez mencionó que, en esta primera reunión, debía hablarse de coincidencias y no de asuntos que distancien.
Encontrándose en Santiago de Chile, se reunió con los principales líderes de la Concertación de Partidos por la Democracia, en especial con los representantes del Partido Socialista de Chile, partido de Bachelet. El 5 de julio se reunió con Álvaro Uribe Vélez y el 6 del mismo mes con Alfredo Palacio González. García fue recibido cariñosamente por los colombianos, quienes lo asilaron por un breve tiempo en 1992. En Ecuador, sostuvo como principales temas de conversación mejorar las relaciones bilaterales, muy dañadas durante los últimos años.
En el transcurso de su gestión, y luego de varios meses de negociaciones entre las cancillerías peruana y boliviana, se reactualizó el proyecto anteriormente denominado BoliviaMar y redenominado ahora MarBolivia, en ocasión del encuentro de Evo Morales y Alan García el 19 de octubre de 2010 en Ilo, donde se firmaron varios acuerdos bilaterales y complementarios de aquellos de 1992, reafirmando la concesión por 99 años del Perú a Bolivia de una salida no soberana al Océano Pacífico. Se estableció una zona franca industrial y económica especial (ZOFIE) y una zona franca turística (ZFT), que no serán un obstáculo en el caso de que, en el marco de las conversaciones bilaterales boliviano-chilenas, se llegue a un acuerdo sobre el acceso al mar de Bolivia. Con indudable visión internacional, promovió y se creó la Alianza del Pacífico con México, Colombia y Chile.

El 8 de septiembre de 2006, se inició el proyecto de alfabetización masiva, en el que se invertirían cerca de 350.000.000 de soles al año para apoyar este proyecto, lo que logró erradicar la analfabetización en 2011. Además, se logró la evaluación de los maestros dentro de una carrera magisterial.

Alan García continuó la política económica de responsabilidad macroeconómica y sensibilidad social. Es así que los Tratados de Libre Comercio con Estados Unidos y Tailandia fueron repotenciados con los Tratados con Chile y México. Su política de austeridad permitió, en teoría, un importante ahorro fiscal sin abandonar una atención significativa al objetivo de erradicar la pobreza (la disminuyó en cerca del 20%), tal y como ha venido sucediendo desde el año 2006, en su segundo gobierno.
A agosto de 2006, las reservas internacionales del Perú alcanzaron un récord histórico. Como parte de la nueva integración con Chile, este país se comprometió a impulsar que el Acuerdo Estratégico Trans-Pacífico de Asociación Económica aceptara al Perú como miembro pleno, con lo que pasaría a ser el «P5». El 20 de septiembre de 2006, se anunció que el futuro TLC con Singapur estaría en su tercera ronda de negociaciones.

A puertas de dejar el gobierno, García convocó a elecciones generales para el 10 de abril de 2011. El APRA pensó postular como candidata presidencial a la exministra Mercedes Aráoz, pero su candidatura fue frustrada. De esta manera, el partido participó en las elecciones sin candidato, logrando obtener 4 escaños en el Congreso. Se ha mantenido como un partido de oposición organizada frente a la administración de Ollanta Humala. Para las elecciones de 2016, el APRA firmó una alianza con el Partido Popular Cristiano y Vamos Perú, bajo el título de «Alianza Popular», teniendo como candidato presidencial a Alan García, quien intentó un tercer mandato. En las elecciones de dicho año, Alan García perdió rotundamente, quedando en quinto lugar con el 6,19% de los votos y con cinco congresistas.

El 31 de enero de 2023, el Jurado Nacional de Elecciones (JNE) confirmó la participación del PAP en las próximas elecciones generales.